Bokeljska mornarica je tokom vjekova dokazala svoju privrženost čuvanju tradicije, zajedništva, kao i unapre­đenju pomorstva i pomorske privrede, školstva i stvara­nja mogućnosti za razvoj svoga grada i Boke u cjelini. Razni društveno-politički sistemi koji su se smjenjivali na prostoru Boke uvidjeli su navedene kvalitete ove nekad staleške organizacije pomoraca, i priznali joj to kroz od­likovanja, diplome, zahvalnice, povelje itd.

Mornarica od bečkog dvora nije tražila samo nov­čanu pomoć, njoj je bilo mnogo stalo i do njegovih odli­kovanja. Ona se 25. septembra 1872. godine pismeno obra­­tila nadvojvodi Albertu, s molbom da svojom vrp­com odlikuje njihovu zastavu. Već 12. novembra sekretar nad­vojvode poslao je obavještenje da joj je upućena tra­žena vr­pca, na kojoj je Albert Habzburški dao da se ispiše moto „Fi­des et Honor“ (Vjera i čast). Ovo je prvo odliko­vanje koje je Mornarica dobila.

Za vrijeme Kraljevine Jugoslavije Bokeljska morna­rica je odlikovana Ordenom svetog Save.

Ukazom Predsjednika Socijalističke Federativne Re­publike Jugoslavije Josipa Broza Tita, dodijeljen joj je Or­den bratstva i jedinstva sa zlatnim vijencem, 25. avgusta 1972. godine.

Predsjednik Republike Hrvatske Stipe Mesić odliko­vao je Bokeljsku mornaricu Poveljom Repu­blike Hrvat­ske. Povelja je uručena 28. januara 2010. godine u re­zi­denciji predsjednika na Pantovšćaku u Zagrebu, a primio ju je kap. Ilija Radović, viceadmiral Bokeljske mornarice 809. Inicijativu za dodjelu ovog visokog odlikovanja po­krenulo je Hrvatsko građansko društvo Crne Gore iz Kotora (HGDCG).

Predsjednik Crne Gore Filip Vujanović odlikovao je 7. februara 2010. godine Bokeljsku morna­ricu Ordenom crnogorske zastave II reda. Na vanjskoj sveča­nosti sv. Tripuna u Kotoru, orden je uručen Niku Konda­nariju, pre­dsjedniku Upravnog odbora Mornarice. I ovoga puta je inicijativu za dodjelu ovog odli­kova­nja pokrenulo HGDCG Kotor.

Odlikovanja Bokeljske mornarice predstavljaju priz­nanje i potvrdu značaja njene uloge koju je imala tokom svog 1200 godina dugog povijesnog trajanja, tokom kojeg je, kao čuvar običajnog prava, neumorno njegovala i čuvala tradicionalne običaje, svečanosti i istoriju bokeljskog pomorstva.

Bokeljska mornarica nastaviće da živi vjekovima snagom svojih velikih moralnih vrijednosti, koje u svojem plemenitom tijelu sadrži i njeguje, prenoseći ih iz na­raštaja u naraštaj ges­lom „Fides et honor“.